۱۲ سال پیش از شروع داستان، موجودی شرور و افسانه ای به نام کیوبی (روباهی غول پیکر با ۹ دم) به کونوها حمله می کند. چهارمین هوکاگه با استفاده از یک طلسم و قربانی کردن خود موفق می شود کیوبی را داخل بدن ناروتوی تازه به دنیا آمده زندانی کند. ناروتو پسری یتیم است و اکثر مردم (بزرگسالان) کونوها او را همان کیوبی می بینند و از او تنفر دارند. بنا به فرمان هوکاگهٔ سوم هیچ کس حق ندارد در مورد وقایع رخ داده مرتبط با حملهٔ کیوبی حرفی بزند؛ برای همین همسالان ناروتو چیزی در این مورد نمی دانند. با این وجود به علت دیدگاه و رفتار بزرگسالان و تأثیر این رفتار بر روی فرزندانشان، ناروتو دوران کودکی خود را بدون هرگونه رابطهٔ صمیمانه و دوستی سپری می کند. نتیجه این که ناروتو برای جلب توجه دست به انواع و اقسام شیطنت و خرابکاری می زند.